💡 Intégrer une macro ImageJ

Section rédigée par Jérome Mutterer

Vous pouvez insérer dans votre figure Inkscape une image résultant d’une macro ImageJ. Elle permet d’intégrer aux figures d’article des éléments générés à partir de données source et de code, garantissant la transparence et la reproductibilité des données présentées. Cela nécessite Inkscape version 1.1 (la dernière sortie), et l’extension ImageJ Macro Panel, à placer dans le dossier Extensions d’Inkscape.

Une fois l’extension installée, vous devez :
1) Définir une zone destinée à accueillir l’image.
2) Aller dans Objet > Propriétés de l’objet, et insérer le code source dans la description de l’objet
3) Aller dans Extensions > Figure > ImageJ Macro Panel, et cliquer sur Appliquer

Le code persiste dans le champ « Description » du code SVG de l’objet, ce qui garantit la traçabilité des données sources (à placer dans un sous dossier ‘data’ du répertoire du document actif ou dans un dépôt public) et des étapes de traitement conduisant à la vue présentée dans la figure.

Ces extensions permettent actuellement d’intégrer des éléments générés par ImageJ, R, PyMOL, Processing, et Matplotlib, mais pourraient être étendues à d’autres sources de données. Plus d’informations dans cette présentation : https://f1000research.com/slides/10-278.

Ces extensions sont une contribution de Jérome Mutterer, ingénieur de recherche à l’Institut de biologie moléculaire des plantes (CNRS et Université de Strasbourg) et de Martin Owens, développeur Inkscape.